Latar belakang berdirinya Kalijaga Institute for Justice (KIJ) di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta ini didasarkan perubahan yang terjadi di luar dan di dalam UIN Sendiri. Secara ekternal ada tiga alasan, pertama Indonesia berpenduduk Muslim terbesar di dunia dan dipandang sebagai Negara Muslim yang paling demokratis. Beberapa pengalaman terkait proses keberhasilan demokrasi di antaranya reformasi 1998 tidak membuat Indonesia pecah, tuntutan Indonesia untuk menjadi Negara Islam (religious inspired democracy) yang selama ini diperjuangkan oleh kelompok tertentu tidak terjadi. Lembaga ini juga dimaksudkan untuk merespon akan kebutuhan penguatan Indonesia sebagai role model akan harmonisasi antara Islam, HAM dan Demokrasi.

Kedua, saat ini ada kecenderungan dunia mengacu pada nilai-nilai bersama seperti Global Values, Common Ground, Common Word, Universal of Declaration Human Rights (UDHR), Cairo Declaration  pada Universal Islamic Human Rights (UIHR) pada 1990 dan lain-lain. Ketiga, terjadinya moderasi dan modernisasi Organisasi Kerjasama Islam (OKI) yang melampui Cairo Declaration yang dinamakan OIC Mecca Platform of Actions 2005. Selain itu juga adanya pembentukan Independent Permanent Human Rights Commission (IPHRC) pada 2012.

Sedangkan secara internal, pertama, dalam rangka mewujudkan visi UIN Sunan Kalijaga “Unggul Terkemuka dalam pemaduan dan pengembangan Studi Keislaman dan Keilmuan bagi Peradaban”, maka dibutuhkan upaya untuk mensosialisasikan dan menguatkan serta mempunyai mitra yang bergerak di bidang keadilan (justice). Kedua, adanya kebutuhan penguatan kurikulum HAM di Fakultas Syariah dan pengarusutamaan social inclusion based curriculum di UIN. Social inclusion mencakup kajian-kajian yang terkait diffable, Gender, multiculturalism dan pluralism. Ketiga, adanya kebutuhan institusionalisasi para pakar di bidangnya (resource/expertise pooling)  dan knowledge management akan keterwakilan Indonesia sebagai komisioner dan ketua IPHRC OKI, keahlian civitas akademika di bidang HAM, demokrasi, keadilan social dan kesetaraan gender baik dari segi akademis dan aktivisme (intellectualism and activism).

Pendekatan yang digunakan oleh KIJ yaitu progresif, inklusif, humanis dan intergratif serta Right-Based Social Justice Approach. Hal ini penting disampaikan karena UIN Sunan Kalijaga sudah dikenal sebagai kampus yang progresif dan inklusif dan mengembangkan keilmuan yang mengintegrasikan dan menginterkoneksikan keilmuan agama dan umum. Pendekatan hak yang didasarkan pada keadilan sosial juga akan digunakan oleh KIJ dalam menjalan program-programnya.